В 2012 году Японию стало жертвой нашествия Мю - человекоподобных существ из другого измерения с необычной голубой кровью. Три года спустя, в 2015-м, Токио оказывается под нападением захватчиков, которые вынуждены отступить под ударом "долем" - специального оружия в виде гуманоидов. В этот хаос молодой Аято Камина пересекает свой путь с Рэйкой Мисиму, одноклассницей по школе. Но их встреча обрывается тем, что Аято становится целью правительства и его преследуют. И тогда на помощь приходит загадочная женщина Харука Сито, официальный представитель организации "TERRA". Она рассказывает ему про запечатанный во временном разрыве Токио и скорость времени здесь бежит лишь третью частью от обычного темпа. Не веря своим ушам, Аято бегает дальше и случайно попадает на поезд, где вновь сталкивается с Рэйкой. Прибыв в местную тренировочную базу "Зал Ра", он следует за ней к огромному яйцу, из которого выходит долем под названием Ра-Зефон. Но неожиданно на сцене появляется мать Аято, контролирующая долем и перебившая вторжение "TERRA". В схватке она получает ранение и её падающая кровь привлекает внимание Аятo и Харуки, которые решают бегло уйти отсюда.
