Мега-корпорация «Дедал Групп» оказывается в центре волнения, когда террористическая атака Духа Икара происходит на их технологических установках. В ходе обследования жертвы этого нападения, Блэк Джек знакомится с загадочным доктором Кирико, который известен как Воплощение Смерти - мужчина безжалостный и беспощадный в своих методах лечения. Но когда Дух Икара обращается за помощью к этой необычной паре - Блэку Джеку и Воплощению Смерти, чтобы помешать началу биологической войны, они понимают, что стоят на перепутье между жизнью и смертью. Призванный спасать жизни своих пациентов, Блэк Джек должен принять решение: служить интересам корпорации или законам медицины? Под предводительством бывшего сотрудника «Дедал Групп» Хандера Лейна, Дух Икара использует любые средства для достижения цели - даже если это значит использовать ставший пешкой Блэка Джека, чтобы добиться своих целей. В то время как Воплощение Смерти внушает страх и ужас своими методами лечения, Блэк Джек пытается сохранить человечность в этом мире, где обладание силой и властью означает борьбу за выживание. Они оба понимают, что им придется подняться против корпорации и террористической организации, чтобы спасти людей от разрушительной биологической войны. Напряженный сюжет и неожиданные повороты событий делают этот аниме настоящей атмосферной историей о человечестве, которое стремится к мести и спасению одновременно. Путешествие Блэка Джека и Воплощения Смерти к осознанию себя - ключевое для успеха или поражения на этой опасной дороге.