Юри Мито - обычный школьник, который вроде бы ничем не примечателен. Но за его настоящей рутинной жизнью скрывается неожиданная сторона - он является сыном настоятеля храма и отлично разбирается в синтоистских обрядах. Однако его спокойное существование не может продолжаться бесконечно. В один день, Мито случайно находит таинственную печать в лесу и встречает загадочную богиню, которая предупреждает парня о последствиях, если он не оставит печать в покое. Но Мито не успевает реагировать, так как печать разбивается и злые духи Таютай вырываются на свободу. Оказавшись втянутым в войну между духами, Юри должен быстро приспособиться к новой реальности. И кажется, ему повезло - аватар богини по имени Масиро стала его союзницей и даже переехала жить к нему домой. Теперь парню предстоит не только участвовать в сражениях с злыми духами, но и разбираться в отношениях с девушками своей команды. Несмотря на то, что плоть Мито слаба, его дух неумолим и он не боится принимать вызовы. Он быстро собирает команду из умелых девушек-воительниц и начинает бороться за спасение мира от злых духов. Но кто же будет той, кто останется рядом с Юри после окончания всех этих приключений - Масиро или одна из его подруг? Аниме "Печать богини" погружает зрителя в мир японских обрядов и мифологии, где каждый персонаж имеет свою уникальную силу и харизму. В сердце этой истории лежат любовь, дружба и преданность своему делу. А Юри Мито должен выбрать правильный путь в этом опасном мире, сохраняя свое человеческое сердце.