Второй сезон аниме "Глаза Ауры" начинается спустя какое-то время после первого. Главная героиня, Ёко, продолжает свои подводные исследования в океане Мадагаскара. Однако она больше не обладает способностью активировать "глаз ауры". В это время её подруга Мадока отправляется в Камогаву, эпицентр тех самых событий, которые изменили жизни девушек в первом сезоне. Возвращаясь домой, Мадока обнаруживает письма от Лан и Мугинами, в которых они рассказывают о своей текущей жизни и поздравляют её с наступающим Новым Годом. Спустя месяцы учебного года и прочитанных писем, начинается новый класс для Мадоки. Её день рождения уже не за горами, но перед этим у неё есть ещё одно приключение. Лучшие подруги Мадоки решают навестить её и посмотреть на копию Камогавы - межгалактический туристический центр на планете Полигидрон. Здесь они узнают много нового и захватывающего, но вскоре сталкиваются с новыми вызовами. Во время своих приключений девушки становятся ещё ближе друг к другу и понимают, что справиться с любыми трудностям можно только вместе. Но в это же время на планету Полигидрон прибывает новый враг - тёмная организация, которая хочет повторить испытания, которые привели к появлению "глаз ауры". И теперь Мадока и её друзьям придётся бросить вызов этим злодеям и спасти не только свой мир, но и вселенную от опасной угрозы. Начинается новое эпичное приключение героинь, полное драматических поворотов и решительных действий. Сможет ли Мадока снова активировать "глаз ауры" и помочь своим подругам? Узнаем в продолжении захватывающей истории о дружбе, любви и самопожертвовании!