События этого аниме разворачиваются во вселенной, где наука и магия существуют параллельно. После завершения строительства космического подъемника "Эндимион", установленного в Академия-Сити, мы встречаем главного героя Тому Камидзё и его подругу Индекс. Несчастный случай сводит их с эспером нулевого уровня по имени Ариса Мэйго, оказавшейся преследуемой "Ассоциацией магов". Появление Арисы приводит к беспокойству в городе - за ней начинают охотиться не только представители "Ассоциации магов", но и загадочные существа со сверхестественными способностями. Чтобы обезопасить Академия-Сити от опасности, формируется движение сопротивления под руководством Шатауры Секвенция. В ходе своих приключений Тома и Индекс узнают о том, что Арису можно использовать для разжигания конфликта между научным и магическим миром. При помощи Стейла Магнуса, который раскрывает им правду о происходящем, герои пытаются уберечь Арису от рук обеих сторон и разоблачить тайную цель "Ассоциации магов". Но чем больше герои узнают о Арисе, тем больше вопросов возникает. Кто же на самом деле эта загадочная девушка? И какую роль играет она в схватке между двумя мирами? При помощи своих способностей и союзников Тома и Индекс бросают вызов всесильной "Ассоциации магов", чтобы защитить свой город и принести свет в борьбу магии и науки. Поджигая извечный конфликт, этот фильм переносит зрителя в захватывающий мир фантастики и приключений, где каждый шаг определяет будущее вселенной.