Угроза, нависшая над человечеством в виде страшных пришельцев Гауна не оставляет людям выбора - им необходимо искать новое пристанище. Передвигаясь на космическом корабле «Сидония», рыцари-пилоты борются за выживание, но каждый следующий сражение становится все сложнее и опаснее предыдущего. Нагатэ Таникадзэ, один из самых опытных пилотов, хорошо знает то угрозу, которую несут Гауны. Каждый день он видит гибель своих товарищей и понимает, что враг медленно, но верно одерживает победу. В такой ужасной ситуации нужны отчаянные меры. Военные и ученые объединяют свои силы и создают химеру - создание на основе технологий противника. Забытые знания помогли создать Цумуги Сирауи - гибрида человека и Гауна. Ей есть что предложить в боях с последним врагом людей, но не все поддерживают эту затею. Несмотря на новое могущественное оружие, путь к новому дому землян все еще полон препятствий. Человечество должно преодолеть невероятные трудности, чтобы сохранить свою расу и найти новое место для жизни. Каждый день становится испытанием для экипажа «Сидонии», и им приходится делать невозможное, чтобы выжить в борьбе за существование. Однако не все посчитали создание Цумуги Сирауи достойным решением. Есть те, кто считает этого создания предателем и врагом человечества. Но лишь время покажет, будет ли химера союзником или обращена против своих создателей. В конце концов, лишь от человеческой смекалки и отваги зависит будущее всего рода людского на корабле «Сидония». Таким образом, перед героями аниме «Пришельцы Гауна» стоят самые сложные задачи - остановить угрозу и найти новый дом для человечества. Насколько успешно им это удастся? Затяжная война на корабле «Сидония» покажет не только истинную силу людей, но и угрозу, которая может скрыться под элегантным обликом химеры Цумуги Сирауи.
