Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы, и они с нетерпением ждут своего будущего. Но на пути к успешной карьере стоят не только высокие оценки и увлекательные занятия - Сэто Кайба не отступает от своей миссии вернуть душу Фараона, продолжая собирать «Головоломку тысячелетия». Однако его планам помешал загадочный человек по имени Аигами. Пока Юги и его друзья готовятся к поступлению в университет, Сэто работает над новой системой виртуальных дуэлей. Она обещает изменить всю индустрию «Дуэльных монстров» и может перевернуть существующие правила игры. Но есть ли у Сэто хорошие намерения или он просто стремится к власти и контролю? Аигами тоже заинтересован в новой системе и начинает свою борьбу с Кайбой. Юги и его друзья оказываются втянутыми в конфликт двух могущественных соперников, которые используют разные методы и стратегии для достижения своих целей. В то время как Кайба надеется вернуть Фараона, чтобы завершить битву, Аигами движим жаждой мести за прошлые обиды. Юги и его друзья должны выбрать, на чьей стороне они стоят в этом противостоянии - Сэто или загадочного Аигами. И они понимают, что только участие в новой системе виртуальных дуэлей поможет им раскрыть правду и спасти будущее «Дуэльных монстров».
