Конец долгой и безжалостной войны между человечеством и механоидами наступил, и обе стороны наконец-то достигли перемирия. Власть над вселенной теперь принадлежит механоидам, а Земля оказалась под контролем новых господарей. Несмотря на потерю всей семьи, адмирал Зеро все еще продолжает защищать свой родной мир и служит капитаном буксирного судна. Однако его спокойная жизнь нарушается, когда он попадает под нападение загадочного пиратского корабля под названием "Тень смерти". Сражаясь со своими последними силами, Зеро проигрывает эту битву. Однако ему предстоит столкнуться с этим опасным противником еще раз. Командование поручает Зеро новое задание - захватить легендарного пирата Харлока, который оказывается тем самым капитаном "Тени смерти". Вместе со своим бывшим линкором "Кария" и командой из механоидов и людей, Зеро отправляется в опасное путешествие по вселенной. Они должны найти и захватить Харлока, чтобы остановить его от того, чтобы стать еще более могущественным. Но по мере того, как Зеро и его команда приближаются к своей цели, им становится ясно, что с этим пиратом связаны не только механоиды, но и другая угроза для вселенной. Продолжая свое путешествие через просторы космоса, Зеро понимает, что ему предстоит не только сражаться за выживание человеческой расы, но и раскрыть темные секреты прошлого и настоящего.
