Однажды, покончив со всеми врагами Земли, капитан Харлок решил оставить свою команду и отправиться на космические просторы в одиночестве. Но спокойствие и мир не длились долго - новый ужасный враг появился на горизонте и Харлок понял, что ему придется снова собрать свою команду, чтобы защитить Вселенную от этой новой угрозы. Как оказалось, на одной из археологических экспедиций профессор Дайба разбудил давняя злая раса "ну", которая правила космосом еще до появления человечества. Пять лет спустя она набрала силу и начала реализовывать свой зловещий план: превратить мир обратно в хаос. Но капитан Харлок не будет бояться столкнуться с этим новым врагом. С помощью своей команды, состоящей из верных товарищей Кэй Юки, доктора Зеро и первого помощника Яттарана, а также сына профессора Дайбы - Тадаси, присоединившегося к ним на космическом корабле "Аркадия", Харлок отправляется в новую битву за свободу Земли. Теперь они должны сразиться со странным и загадочным врагом, чтобы защитить не только свой мир, но и всю Вселенную от зла и разрушения. Старый космический пират Харлок вновь готов доказать свое мужество и смелость перед этой новой угрозой. Для него нет ничего ценнее, чем защита его любимой Земли и её обитателей.
