Год 2201. Победа над Императором Зордаром и его армией Кометы поставила точку в эпической битве, и Ямато, переживший множество испытаний, возвращается на Землю для заслуженного отдыха и ремонта. Однако мирное время коротко продолжалось - Деслер и его команда столкнулись с новой угрозой. Обнаружив захватчиков на своей родной планете Гамилус, они понимают, что Империя Тёмной Туманности имеет свои планы на владения Земли и Искандар. Кодаю и Деслеру придется объединить свои силы - двое бывших врагов теперь должны действовать сообща, чтобы защитить своих родных от чужеземных захватчиков. Но перед этим Кодаю нужно подготовить новичков экипажа к будущим сражениям - это не простая задача, требующая времени и терпения. Только что вернувшись домой с жестокого боя, Ямато уже готовится к новому вылету в опасную миссию. Но теперь на борту корабля есть не только старые знакомые - новые члены экипажа присоединяются к команде, готовые сражаться рядом с легендарным Кодаю и его верными друзьями. Наступает время почтить память о павших товарищах и принять новых членов в свой отряд. В то же время, старожилы Ямато должны учитывать опыт новичков и помогать им освоиться на борту корабля перед тем, как начнется новое сражение за будущее Земли. И так, подводя итоги прошлой битвы и готовясь к пришельцам из Тёмной Туманности, Кодаю и его команда продолжают свой непрерывный бой за мир во вселенной. Их мужество и единство в лице Деслера - бывшего заклятого врага - дают надежду на будущее для всех рас человечества. Время покажет, кто окажется победителем в этом эпическом противостоянии.
