Три года прошло с тех пор, как «Ямато» вернулась на Землю из опасной миссии на планете Искандер. Благодаря Космореверсу, земляне смогли вновь оживить свою разрушенную планету и заключить мирный договор с Гамилусом. Однако, войну они не отбросили навсегда - ведь был создан новый оборонный флот, возглавляемый передовым броненосцем «Андромеда». Старший командующий всей Земляной армией призывает прекратить войну и стремится к миру. Но правительство решает продолжать экспансию и укреплять свое влияние в космических просторах. В это же время, богиня Тереза продолжает молиться за спокойствие и благополучие во вселенной. Но ее силы начинают ощущать новую угрозу, которая подстерегает все звездные системы. Ситуация становится напряженной, когда Гатлантис – давно забытое и потерянное цивилизацией – начинает захватывать звездные системы и приближается с опустошительными целями к Земле. Мир, за который так много было пожертвовано на предыдущих миссиях «Ямато», опять оказывается под угрозой. Теперь командир корабля, капитан Кодай, должен принять решение – продолжить дипломатические переговоры или вступить в бой с новым врагом, чтобы спасти вселенную от его черной плоти. Поддерживаемый своей командой и верой в свое дело, он поведет «Ямато» на новую миссию – последнюю надежду для спасения Земли и всех ее обитателей. Новые технологии, смелость и дружба будут необходимы в этом эпическом противостоянии между людьми и Гатлантисом. И только время покажет, кто выйдет победителем в этой битве за выживание всего человечества.
