История о девочке-волшебнице Акко начинается с ее прихода в академию "Новая Луна". Растущая в обычной семье, она никогда не изучала магию и не обладала особыми способностями. Но однажды увиденное ею магическое представление в детстве пробудило в ней страстную любовь к колдовству. Так ей и пришлось отправиться на учебу вместе со своим альтруистичным другом Сьюзи и забавной ленивой Дайаной. Однако, ожидания Акко разочаровываются, когда она понимает, что большую часть своего времени проводит за чтением книг и прослушиванием скучных лекций. Практических занятий почти нет, что явно не удовлетворяет желаниям начинающей ведьмочки. Но все меняется, когда класс отправляется на задание в опасный подземный лабиринт для поиска редких магических предметов. В процессе поисков Акко услышала крик и безраздельно бросилась на помощь. Благодаря своей подруге-алхимику, она обнаруживает новую часть лабиринта, до этого неизведанную. Теперь у Акко есть шанс проявить себя и показать свои способности в колдовстве. Монстры, древние артефакты и магические загадки ждут ее в глубинах лабиринта. Нельзя стоять на месте, ведь это не только возможность для успеха, но и возможность насладиться своим любимым занятием. Интересно отметить, что "Академия ведьмочек" является одной из четырех аниме-работ, которые получили поддержку в рамках "Проекта подготовки молодых аниматоров 2012", получив 38 миллионов иен (приблизительно 480 тысяч долларов). Это еще больше добавляет значимости к этому захватывающему приключению Акко и ее друзей.