В отдалённом будущем, большая часть человечества уже не существует после жестокой атаки Фестумов - внеземных созданий, которые стремятся объединить все живое в единую сущность. Оставшиеся выжившие люди живут под укрытиями на острове Тацумия, где они пытаются обеспечить своим детям беззаботное и спокойное детство. Но и здесь им приходится столкнуться со страхом и угрозой Фестумов. В этом мире есть одна надежда для людей - дети, подвергнутые генной инженерии и способные контролировать огромные боевые машины Фафниры. Правительство использует этих детей как последнюю линию защиты против пришельцев. Но с каждой новой битвой растёт опасность того, что дети потеряют свою человечность и превратятся в хладнокровных машин. Основной герой аниме - юный Казукей-пилот Фафнира, который был похищен правительством и выращен для участия в войне. Он не желает воевать и хочет вернуться к спокойной жизни на острове, но его судьба уже переплетена с битвами против Фестумов. Вместе со своими друзьями-пилотами Казуке пытается найти способ положить конец этой войне и спасти как людей, так и Фафниры от опасности. Но каждая новая битва приносит им боль и потерю, что заставляет главного героя обратиться к темным секретам правительства и собственной прошлой. Аниме "Фафнир в Страженьях Осады" - это не только увлекательный боевик со стильными роботами, но и философский размышления о ценности человеческой жизни, последствиях технологических экспериментов и ценности мира без войны. Ведь даже в самых безумных условиях, сердца молодых героев продолжают биться за мечту о мирном будущем.
