В ходе длительного путешествия, Сатоши, Айрис и Дент наконец-то достигли Нью-Торк-сити. Но на радость героев, их прибытие оказалось не таким удачным, как им представлялось вначале. В этом огромном мегаполисе было слишком много всего: высоченные здания, шумный трафик и океан людей на улицах. Тем временем из дремлющего состояния пробудились Генесекты - древние покемоны, которые потеряли свой компас во времени и пространстве. Без цели и направления, они решают обосноваться в Нью-Торк-сити и сделать его своей новой колонией. Из-за этого героям приходится столкнуться с новой проблемой - как спровадить непрошеных гостей? Нужно было разобраться в корнях этого странного поведения Генесектов. Что заставило их проснуться после стольких лет? Может быть в самом городе есть какая-то тайная сила или аномалия, которая повлияла на это? Сатоши, Айрис и Дент вынуждены наладить сотрудничество с местными жителями, чтобы разгадать эту загадку. Они приступают к расследованию и вскоре стало ясно - спрятанное в городе злоумышленником подземелье является источником силы для Генесектов. Но как победить то, что никогда не останавливается? Как заставить прекратить уязвимую колонию? Нашим героям предстоит найти ответы на эти вопросы и бороться до последнего дыхания. Сможет ли команда Сатоши покончить со злом или они будут поглощены тьмой вместе со своими новыми друзьями-покемонами? Время покажет...