Два года прошло с того момента, как война между EAF и Координаторами завершилась. Мир на поверхности планеты казался установившимся, но под его поверхностью таились неизбежные напряжения и недовольство, которые только ждали своего времени для взрыва. И это время настало, когда группа координаторов отправила колонию Юниус 7 на Землю со зловещим планом. Они рассчитывали на то, что падение этой колонии приведет к хаосу и уничтожит практически все жизни на поверхности. Но силы ZAFT не дремали и предприняли отчаянную операцию по взрыву колонии перед её падением. Независимо от результатов этой операции, осколки Юниус 7 все равно нанесли огромный урон Земле, вызвав новую волну разрушений и хаоса. Главным героям приходится снова бросаться в бой, чтобы защитить свой мир от опасностей извне и изнутри. Их цель - спасти то, что осталось от планеты, которую они так любят и защищать её от любой опасности, даже если это значит вновь подняться на оружие. Но с каждым новым шагом они понимают, что конфликт между EAF и Координаторами не является единственной угрозой. Их верные друзья обращаются к врагам, а высокопоставленные члены их собственных рас предают и проданы своими эгоистичными целями. В этой борьбе за мир и правду, героям приходится столкнуться не только с физическими препятствиями, но и с темной стороной человеческой природы. Они должны узнать, кого можно доверить в этом бесконечном цикле конфликта и какие жизни следует спасать. Спустя два года после окончания войны, новые герои появляются на поле боя со своей силой и решительностью принести мир всему миру. Надежда на лучшее всегда будет гореть в них, даже когда все другие уже потеряли надежду.
