В эпоху войны между двумя враждующими силами - натуралистами и координаторами, один боец-координатор отправляется на поиски вновь разработанного Земным альянсом мобильного доспеха, который оказался в колонии Гелиополис под контролем натуралов. Кира Ямато, гражданин города-колонии и координатор, посещает технический колледж, не подозревая о том, что его жизнь скоро кардинально изменится. ЗАФТ не церемонится и захватывает четыре из пяти мобильных доспехов на базе Гелиополиса, оставляя только "Страйк" - возможность для Киры спастись. Он вынужден пилотировать незнакомый ему до этого доспех, чтобы спастись и помочь своим друзьям. В этот хаос Кира также сталкивается со своим детским другом Асураном Залой, который оказывается среди захватчиков из ЗАФТ и управляет одним из нападавших доспехов. С заботой о благах своих друзей, Кира присоединяется к Земному альянсу на борту "Архангела" - корабля, плывущего под покровительством организации. Он готов защищать своих близких людей, однако по-прежнему не может избавиться от тяжелого чувства, что ему придется сражаться против своего друга и людей, которых он хорошо знал и ценил раньше. Возможно, война и различия между натуралистами и координаторами не такие явные и простые как кажутся на первый взгляд...
