Угроза нашего мира никогда не казалась такой реальной, как только человечество узнало о существовании Зентреди — беспощадных инопланетных захватчиков. С целью обеспечить будущее нашей расы, флоты колонизационных кораблей отправлены в космос для осуществления миссии спасения. Однако в одном из этих флотов, «Макрос Фронтир», жизнь старшеклассника Саотомэ Альто меняется навсегда. В то время как он выступает на концерте популярной певицы Шерил Ноум, неожиданно наступает атака неизвестных пришельцев. Хаос и разрушение охватывают флот, а для Альто единственной целью становится защитить Ранку Ли — девушку, которую он только что встретил. Без другого выбора, он занимает место погибшего пилота в новейшем боевом юните. Его действия привлекают внимание частной военной компании «S.M.S. Skull Squadron», которая предлагает ему присоединиться к их организации. Альто соглашается и вступает в ряды этого отряда, где он будет защищать как своих друзей, так и «Макросс Фронтир». Несмотря на новый статус пилота, Альто не забывает о своих корнях и оставляет часть Земли, где живет его приемный отец. Вместе с Ранкой Ли и другими союзниками он бросается в опасные битвы против Зентреди, надеясь вернуть мир нашей планете. Но его путешествие в мире полном опасностей только начинается, поскольку ему предстоит раскрыть тайны инопланетных атак и узнать правду о происхождении Ранки Ли. Сможет ли Альто противостоять всем вызовам и спасти человечество? Эта эпическая сага под названием «Макросс Фронтир» окажется для него больше, чем просто футуристической битвой — это станет его настоящим испытанием как лидера и защитника.
