Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги решила не останавливаться на достигнутом и продолжить работу в мире разведки. Ей выпала честь выполнить приказы Дайсукэ Арамаки - профессионала своего дела и незаменимого лидера для всей команды. Но их спокойную жизнь нарушает таинственный хакер, который взломал Логикому - уникальный искусственный интеллект, способный предугадывать любые действия преступников. Чтобы предотвратить новое преступление, Бато объединяет усилия с бывшим армейским офицером Исикавой и опытным мастером по взрывчатке Бомой. Между тем Кусанаги понимает, что без помощи своих верных соратников Сайто и Падзу ей будет сложно расшифровать загадочные подсказки хакера. Ведь этот профессиональный снайпер и скрытый агент обладают непревзойденными навыками, которые могут стать решающими в этой сложной операции. Итак, девятый отдел собирает свою команду еще раз, чтобы остановить преступника и не допустить нового катастрофического инцидента. Благодаря взаимодействию этих выдающихся специалистов, они вновь готовы пойти на риск и показать всем, что никто не может остаться непойманным при участии 501-го секретного отдела.
